O plenário da Congregação do ICS da UFBA, reunido em 31/07/2008, aprovou por unanimidade a criação do Curso de Graduação em Fisioterapia da UFBA, sendo esta deliberação referendada em 09/07/2009 segundo Ofício ICS no. 0100/2009 à fl.01 encaminhado em 13/07/2009 à Pró-Reitoria de Graduação da UFBA (PROGRAD) solicitando encaminhamento à Câmara de Ensino de Graduação, visando aprovação da criação do Curso.
O deferimento da criação do Curso de Fisioterapia no ICS pela Câmara de ensino de Graduação ocorreu em 08/09/2009, teve seu início no primeiro semestre de 2010 alocado no Departamento de Biofunção do ICS.
Desde a criação do Curso, o Colegiado pro tempore conduziu as atividades. O plenário da Congregação aprovou a instalação do Colegiado provisório contando com a participação dos professores já nomeados para o Curso em 23/09/2010. Finalizado este período, em reunião ordinária de 11/06/2014, através de votação, foram escolhidos 12 membros de acordo com a seguinte composição: um Coordenador, um Vice-coordenador, dois representantes do diretório acadêmico e oito docentes representantes dos grupos de disciplinas do Curso. Atualmente, a composição é a seguinte: oito docentes representantes dos grupos de disciplinas do Curso dos quais são escolhidos um Coordenador, um Vice-coordenador, um representante do diretório acadêmico e um representante técnico-administrativo.
O Núcleo Docente Estruturante foi criado em reunião de Colegiado de 01/08/2014, através da portaria 02/2014, e sua reunião de instalação ocorreu em 02/12/2014. O Regimento Interno do NDE foi aprovado em 18/12/2014 e seus membros foram designados pelo Colegiado do Curso através da Portaria no 02/2012. Este núcleo está em crescente produção do novo Projeto Político do Curso – PPC para futura avaliação da UFBA e substituição ao antigo PPC criado em 2009.
Em 23/01/2015, no Salão Nobre da Reitoria da UFBA, realizou-se a Colação de Grau com Solenidade, da primeira turma de concluintes do Curso de Graduação em Fisioterapia.
Sobre a criação do Departamento de Fisioterapia - DEPFISIO no ICS, a Comissão de Normas e Recursos enviou parecer indicando deferimento em 02/03/2015. A criação do DEPFISIO foi aprovado por unanimidade pelo Conselho Universitário - CONSUNI/UFBA, em 17/11/2015 e finalmente criado em 20/10/2015 sob processo no 23066.023091/12-17. Suas atividades tiveram início em 28 de janeiro de 2016 sob a chefia da Profa. Dra. Helena França Correia dos Reis e a Vice chefia da Profa. Dra. Gabriela Botelho Martins. Este novo setor administrativo e acadêmico está inserido na estrutura do ICS. Na época de criação, o DEPFISIO foi composto por 16 servidores docentes, 01 servidor técnico-administrativo e 06 servidores técnicos fisioterapeutas. A primeira sessão ordinária do Departamento de Fisioterapia ocorreu em 19 de fevereiro de 2016.
O Curso de Graduação em Fisioterapia da Universidade Federal da Bahia foi implantado no ano de 2009, à época do Programa REUNI de expansão das Universidades Federais. Com esta proposta, o objetivo era suprir uma necessidade de demanda pelo Curso de Fisioterapia em instituição de ensino superior pública que, até aquele momento, não existia na capital do Estado. Os cursos de Fisioterapia eram ofertados por IES privadas, havendo, no interior do Estado, apenas uma Universidade Pública Estadual que apresentava o Curso em sua grade. Como um dos objetivos do REUNI era tornar a Universidade Pública mais acessível à população em geral, parecia ser o momento mais adequado à implantação do mesmo.
Após a implantação do Curso, a partir do ano de 2009, o primeiro vestibular para acesso ocorre em 2010.1, ano em que se implanta a primeira matriz curricular, como prevista no projeto pedagógico aprovado pela UFBA. No entanto, verificou-se a necessidade de mudanças de disciplinas em relação aos semestres letivos com o intuito de atender a realidade docente e discente do momento. Desta forma, em 2013 foi implantada a nova matriz curricular, ofertando os mesmos componentes curriculares, porém com ajustes em relação aos semestres do Curso. Em 2016 foi possível inserir nova lista de pré-requisitos considerados importantes pelo Colegiado de Curso